Am 20. April 1985 trat erstmals eine Mannschaft unter dem Namen FCJ Alt-Ottakring auf. Kern der Mannschaft waren Mitglieder der katholischen Jugend der Pfarre Alt-Ottakring, daher der Name Fussball Club Jugend Alt-Ottakring oder eben kurz FCJ. In der Saison 1985/1986 nahm der neugegründete Verein erstmals an der Meisterschaft der UKJ (Union Katholische Jugend) teil - in der zweiten Klasse A. Heimplatz in dieser Anfangsphase des Vereins war wie für viele UKJ/DSG-Mannschaften die Marswiese.

Die ersten Jahre fanden unter dem Motto "dabei sein ist alles" statt. In den Folgejahren scheiterte der Verein auch oftmals daran, eine vollständige Mannschaft mit 11 Spielern auf den Platz zu bekommen. Erst 1999 konnte man mit dem Meistertitel in der 1. Klasse die erste Spur in der Meisterchronik der DSG (DiözesanSportGemeinschaft - Nachfolger der UKJ) hinterlassen.

In den frühen 2000ern stieß eine Gruppe junger, talentierter Schüler des Gymnasiums Maroltingergasse zum Verein, die zuerst in der eigens dafür gegründeten Jugendmannschaft spielten und nach und nach in die "Erste" hineinwuchsen. Mit dem größeren Kader bog der FCJ auch sportlich in die Erfolgsspur ein. Dem zweiten Meistertitel in der 1. Klasse A 2003/2004 (nach dem Abstieg aus der DSG Unterliga zwei Jahre zuvor), folgte drei Jahre später 2006/2007 der Meistertitel in der Unterliga B und somit der Sprung in die höchste Spielklasse dieser Hobbymeisterschaft, an der mittlerweile über 100 Mannschaften teilnahmen.

Höhepunkt der Spielzeit 2007/2008 war ganz klar der Gewinn des Diözesan-Cups. Es war übrigens auch die erste Saison in der der FCJ einen "echten" Trainer engagiert hatte. Im Jahr darauf kam Trainer Walter Lang zum FCJ Alt-Ottakring. Mit ihm wechselte der FCJ auf den Helfortplatz und man unternahm zweimal den Anlauf auf die Meisterkrone der DSG Liga, schaffte aber in der Saison 2009/2010 als beste Platzierung "nur" den zweiten Platz. Im Laufe dieser Saison fiel auch der Entschluss, nach Abschluss der DSG-Meisterschaft mit der Saison 2010/2011 im Wiener Fußballverband in der 3. Klasse zu beginnen.

Mangels einer Reservemeisterschaft in der dritten und zweiten Klasse wurde temporär ein zweiter Verein gegründet, welcher weiterhin an der DSG-Reservemeisterschaft teilnahm. In der Premierensaison 2010/2011 in der 3. Klasse konnte auf Anhieb der zweite Platz hinter der mit Ex-Bundesliga-Kickern gespickten Cro Celik erreicht werden, was den sicheren Aufstieg in die 2. Klasse bedeutete.

In der Saison 2011/2012 reichte es "nur" zum dritten Platz hinter Besiktas und Gradisce - dank Fusionierungen in den darüberliegenden Klassen konnte man sich trotzdem über den Aufstieg in die 1. Klasse freuen.

Die Saison 2012/2013 stellte mit dem bereits vier Runden vor Schluss fixierten Meistertitel in der 1. Klasse A mit sieben Punkten Vorsprung den bisherigen Höhepunkt in der Vereinsgeschichte dar. Der damit verbundene Aufstieg in die Oberliga A mit Traditionsvereinen wie Helfort, Slovan/HAC, RedStar und vielen mehr wurde mit einem Bruchteil des Budgets geschafft, welches den genannten Vereinen zur Verfügung steht. Dieser Umstand (kein Spieler bekommt Geld) und der Durchmarsch in kürzestmöglicher Zeit von der DSG in die Oberliga bescherte unserem FCJ den Titel "Amateurverein des Jahres", der bei der Bruno-Gala im Wiener Rathaus verliehen wurde.

2013/2014 wechselte man für Training und Heimmatches auf den Kinkplatz und übernahm dort die Trainingszeiten von Wolfersberg, das sich in der Vorsaison aufgelöst hatte. Erstmals hatte man zumindest einmal in der Woche einen ganzen Platz für das Training zur Verfügung. Sportlich war diese Saison die bis dahin schwierigste Jahr in der noch jungen WFV-Geschichte des Vereins. Gerade gegen die Top-Mannschaften der Liga mussten teils empfindliche Niederlagen hingenommen werden und durch eine unheimliche Ansammlung von Verletzungen konnten nur mit viel Mühe bis zum Schluss zwei halbwegs konkurrenzfähige Mannschaften gestellt werden. Mit immerhin sechs Siegen und vier Unentschieden konnte der 14. Platz erreicht, und damit der Klassenerhalt in der Oberliga A geschafft werden. Ein bis heute legendäres Highlight dieser Saison war ein 6:0 Auswärtssieg gegen Austria XI / Rapid Oberlaa.

Durch die Ligareform 2014, in der die obere Hälfte der beiden Oberligen zur zweiten Landesliga geformt wurde, rutschte der Verein trotzdem in die dritthöchste Spielklasse Wiens. Trainer Walter Lang übergab das Zepter an Andreas Reckendorfer.

In der Saison 2014/2015 nach der Zusammenlegung mit der oberen Hälfte der 1. Klasse wollte man sich in der "neuen" Oberliga A an der oberen Tabellenhälfte orientieren und nach dem Herbst lag man nur wenige Punkte hinter diesem Ziel. Eine Niederlagenserie im Frühjahr und unerwartete Punktegewinne der Schlusslichter sorgten dann dafür, dass erst mit der allerletzten Partie und einem 1:1 gegen Ankerbrot der Klassenerhalt als 12. fixiert werden konnte. Dies geschah übrigens zeitgleich mit der 30-Jahre-Feier unseres Vereines.

Noch schlechter startete man in die Saison 2015/2016, als nach dem Herbst magere 5 Pünktchen und der letzte Platz zu Buche standen. Doch das Team bewies Moral und fixierte mit dem 6. Platz in der Frühjahrstabelle schon wesentlich früher den Klassenerhalt als im Jahr zuvor und beendete die Meisterschaft auf Rang 11. Vom immer größer und breiter werdenden Kader profitiert auch unser zweites Team, welches sich vom letzten Platz nach ein paar Spielen noch auf Rang 5 des U23-Wettbewerbes verbessern konnte.

In der Spielzeit 2016/2017 wurde der FCJ in die Oberliga B versetzt. Gleichzeitig übernahm der Oberösterreicher Thomas Moser das Traineramt bei unserer „Ersten“ Unter ihm konnten wir uns rangmäßig kontinuierlich verbessern und entwickelten sich zu einem der Top-Vereine der Oberliga. Die Saison 2016/2017 beendeten wir auf dem 8. Platz und erreichten dabei auch das Viertelfinale des Wiener Landescups wo wir uns dem späteren Finalisten Wiener Viktoria nur knapp geschlagen geben mussten. Die Saison 2017/2018 konnten wir schon auf dem 6. Platz beenden und 2018/2019 erreichten wir mit Platz 4 der Oberliga B den bis dahin besten Platz in der Vereinsgeschichte. Trainer Thomas Moser übergab im Laufe der Saison das Traineramt an seinen oberösterreichischen Landsmann Stefan Fastlabend, der seitdem mit einer Unterbrechung in der wegen Corona abgebrochenen Saison 2019/2020 die Geschicke des FCJ führt.

Die Saison 2020/2021 sollte eine für die Geschichtsbücher des FCJ und des Wiener Unterhaus Fussballes werden. Nach 9 Runden im Herbst lag der FCJ mit 8 Siegen und einem Unentschieden an der Tabellenspitze, als wegen der ansteigenden Corona-Zahlen die Meisterschaft unterbrochen wurde. Während im April 2021 ein Landesverband nach dem anderen seine Meisterschaft abgebrochen hat, entschloss sich der WFV, die Herbstrunde fertig zu spielen und somit einen Meister zu ermitteln. Nach einem 5:0 gegen Kapellerfeld war klar, dass das direkte Duell gegen den Tabellenzweiten Maccabi Wien die Vorentscheidung um die Meisterschaft bringen wird. Bei über 35 Grad am Mautner-Platz konnte sich der FCJ in einer umkämpften Partie dank eines Triple-Packs von Tobias Schumi 3:0 durchsetzen und schon in der Runde darauf wurde mit einem souveränen 5:0 gegen Donaustadt vor eigenem Publikum der Meistertitel fixiert. Diese legendäre Saison schloss der FCJ mit 11 Siegen und 2 Unentschieden und einem Torverhältnis von 41:3 ab und fixierte damit den sportlichen Aufstieg in die 2. Landesliga.

Doch neben der sportlichen Hürde musste noch eine viel größere organisatorische Hürde genommen werden, bevor der FCJ seine ersten Matches im „Konzert der Großen“ bestreiten durfte. Ab der 2. Landesliga ist ein eigener Nachwuchs verpflichtend und mindestens 3 Mannschaften müssen am Meisterschaftsbetrieb des WFV teilnehmen. Als die „Aufstiegsgefahr“ in der Saison 2020/2021 immer konkreter wurde, wurden alle Vorbereitungen getroffen, um eine FCJugend ins Leben zu rufen. Spieler der KM und 1b wurden als Trainer „verpflichtet“ und dank der Starthilfe von Austria XIII war auch rasch ein Platz für die ersten Trainings gefunden. Flyer wurden gedruckt und von Spielern in Penzing und Ottakring verteilt, Schuldirektoren kontaktiert und die Sportlehrer im Kader der Erwachsenen zum Scouting verpflichtet. Dank Corona durfte erst ab Mai wieder draußen Fussball gespielt werden und bereits Ende Juni mussten dem WFV die Nachwuchsteams für die nächste Saison genannt werden. Das allererste Training fand dann in einer kurzen Lockdown-Pause am 29. März 2021 am Kinkplatz mit 5 Kindern statt. Doch die Werbemaßnahmen griffen und unsere Nachwuchstrainer machten von Beginn an einen Top-Job. So sprach sich das neue Angebot schnell herum und die Kinder wurden rasch mehr. Im „Blindflug“ wurden für die Saison 2021/2022 eine U8, eine U9 und eine U11 gemeldet. Am 05. September 2021 war es dann soweit: Erst am Tag zuvor waren die letzten notwendigen Spieleranmeldungen durchgeführt worden und es fanden die ersten Bewerbspiele unseres Nachwuchses statt !

Zurück zu den Erwachsenen. In der Premierensaison 2021/2022 in der zweiten Landesliga belegte man mit insgesamt 10 Siegen und 3 Unentschieden sowohl in der Herbst-, der Frühjahrs und der Gesamttabelle den 12. Platz von 16 Mannschaften und befand sich die ganze Saison immer weit entfernt von einem Abstiegsplatz.

Auch in der Saison 2022/2023 belegten wir nach dem Herbst Platz 12 und nichts deutete auf einen Rückfall hin. Im Frühjahr 2023 ging dann jedoch Spiel für Spiel verloren (nicht einmal 3:0- Pausenführungen konnten ins Ziel gebracht werden) während die direkten Konkurrenten fleißig Punkte sammelten und vor allem die Duelle gegen uns gewannen. Zwei Runden vor Schluss befand sich der FCJ auf dem letzten Platz 5 Punkte hinter dem Vorletzten und (unbegründete) Gerüchte machten die Runde, dass sich der FCJ auflösen oder fusionieren möchte. Doch Totgesagte leben länger und mit einem furiosen 5:0 Sieg gegen die FAC-Amateure sicherte man sich das direkte Duell um den Klassenerhalt mit dem Liesinger ASK. Rund 200 Zuseher sahen einen letztendlich souveränen 2:0 – Auswärtserfolg des FCJ und somit den Klassenerhalt in letzter Minute.

So stellt der FCJ im Jahr 2023 im Erwachsenenbereich eine etablierte 2. Landesliga Mannschaft mit einem Erwachsenen-Kader von 40 Spielern sowie mittlerweile 4 Nachwuchsteams (U9, U10, U11, U13) mit insgesamt 80 Spielern.